Los Yo-Kai son unos seres de la tradición japonesa que solo pueden ser vistos por los humanos gracias a un reloj muy especial. Un día Nate -un niño humano- despierta sin su reloj y él junto a sus amigos Yo-Kai, Jibanyan y Whisper tendrán que volver al pasado para recuperarlo. En su viaje, ayudarán a Nathaniel (abuelo de Nate) a inventar el primer reloj especial y a acabar con el conflicto existente entre los Yo-Kai y los humanos.