Un Japón futurista. Motoko Kusanagi (Scarlett Johansson), también conocida como The Major, es una agente especial cyborg, que lidera el grupo de trabajo de élite Sección 9. El objetivo de esta unidad de operaciones encubiertas dentro de la Comisión Nacional de Seguridad es luchar contra el ciberterrorismo y los crímenes tecnológicos. Con un cuerpo artificial, Kusanagi ha reemplazado la totalidad de su cerebro, lo que le permite ser capaz de realizar hazañas sobrehumanas especialmente requeridas por su labor.

Entrenada para detener a los criminales y extremistas más peligrosos, The Major se enfrentará a un fanático 'hacker', cuyo único objetivo es acabar con los avances de Hanka Robotic en la tecnología cibernética. Pronto la agente cyborg se verá inmersa en una serie de intrigas políticas y secretos de Estado para encontrar al misterioso informático.