Después de un atentado terrorista en el año 2071, un virus mortal se libera en la población de Marte y mata a cientos de personas. El gobierno ofrece una recompensa a quien dé caza a los responsables con la esperanza de frenar estos ataques masivos.

El equipo cazarrecompensas de la nave Bebop, Spike Spiegel (Steve Blum), Jet Black (Beau Billingslea), Fayne Valentine (Megumi Hayashibara) y Edward Wong (Melissa Fahn), al enterarse de la noticia toma el caso para apresar a los responsables y conseguir el botín. La nave Bebop se embarca en esta aventura sin imaginar que el asunto es más complicado de lo que parecía. Detrás de todo este asunto está Vicent Volaju (Daran Norris), el bioterrorista que porta el virus y en medio de su locura quiere esparcirlo por el mundo.

Esta película de animación, dirigida por Shinichirô Watanabe ('Space Dandy'), está basada en la serie de televisión Cowboy Bebop. El apocalipsis mundial está a punto de llegar y la cuenta atrás ha comenzado. El equipo Cowboy deberá detener la expansión del virus antes de que hayan más muertes.