La historia retrata la fabula cómica que ocurre en Cheesebridge, un pueblo adinerado en la época victoriana donde reina la codicia entre sus habitantes. Obsesionados por la clase social, la riqueza, su principal preocupación son sus apetitosos y exquisitos quesos. Pero todos ellos viven pendientes del mal que habita bajo ellos, en los túneles de la ciudad, donde residen los Boxtrolls, unos monstruos horrorosos y crueles que se dedican a secuestrar durante la noche sus dos bienes más preciados: a sus hijos y a sus quesos. Pero están a punto de descubrir que la leyenda que siempre creyeron puede que no sea lo que ocurre ahí abajo en realidad.