Callum Lynch (Michael Fassbender) es un criminal encerrado en prisión y condenado a ser ejecutado por sus delitos. Pero, Lynch recibirá una nueva oportunidad de la organización Abstergo, entidad dirigida por Alan Rikkin (Jeremy Irons). Así, con la ayuda de Sophia Rikkin (Marion Cotillard) y a través de una tecnología revolucionaria que permite rastrear su ADN y desbloquear sus recuerdos genéticos, Lynch experimentará las aventuras de su antepasado Aguilar de Nehra, un asesino miembro de la hermandad secreta de los Asesinos y ascendiente suyo que vivió durante la España del siglo XV, en pleno auge de Inquisición Española.

Para llevar a cabo este ambicioso proyecto que trasladará a la gran pantalla uno de los videojuegos más exitosos de los últimos años, Ubisoft, la compañía francesa creadora de `Assassin´s Creed´, se ha asociado con New Regency y 20th Century Fox. Los encargados de trasladar la mítica historia de las consolas a las salas de cine han sido los guionistas Bill Collage (Exodus: Dioses y reyes), Adam Cooper (Un golpe de altura) y el dramaturgo inglés Michael Lesslie (Macbeth).